农产品的标准化是从生产环境（土壤、水质、大气等）、生产过程（农药、肥料、生长调节剂等的施用量、施用方法、施用时间、施用次数等技术规程），到产品品质（外观、营养、卫生质量等）、加工包装（贮藏、保鲜、分级、包装）等环节的一系列标准，包括质量标准、环境标准、卫生标准、包装标准、储藏运输标准、生产技术标准等。其目的是使农产品生产的每一个环节都纳入标准化管理的通道，形成一套完善的全程标准指标体系，达到农产品从土壤到餐桌全过程都可控制其品质。在欧美和日本等发达国家，农业以高度的标准化为基础，从新品种选育的区域试验和特性试验，到播种、收获、加工整理、包装上市都有一套严格的标准，并以技术标准为基础，质量认证为形式，标志管理为手段，确保各个环节有标准可循。
农产品深加工包括薯类、坚果、浆果、棉麻、花卉、茶叶、蜂产品、谷物（如小麦、稻米、玉米、小杂粮等）、蔬菜（如蔬菜提取物、保鲜蔬菜、冷冻蔬菜、脱水蔬菜等）、水果（如水果提取物、保鲜水果、冷冻水果、速冻水果等）以及各地区特色农产品的深加工。这一概念与农产品初加工相对应，指对农业产品进行深度加工制作以体现其效益最大化的生产环节。