自然养猪法作为一项畜牧科技新技术进行推广，虽然取得了成功的经验，但是，在推广中也暴露出一些问题。
（一）猪舍建筑设计不合理。在改扩建的猪舍中突出表现在猪舍跨度太小，发酵床面积小，结构不合理。猪舍房檐过低，采光不够，导致菌种发酵受到影响；料台、水台过宽；猪舍环境通风不良、降温设施安置不科学，影响夏天的降温等。
（二）技术指导不到位。突出表现在：一是饲养管理不到位：饲养密度太大，粪尿过大，造成垫料无法正常发酵，猪舍氨气密度大，缩短了垫料的使用寿命；二是垫料使用不当。垫料的湿度过低、过大。水分过低，不利于菌种的生存和粪尿的分解，水分过大，会导致垫料发酵过快或腐烂，降低使用年限。三是猪饲料中含有抗生素、酶制剂等，不仅抑制了微生物的活性，而且又降低了消化作业，增加了饲料成本。
（三）防疫不到位。个别育肥猪场不注重防疫，购进的仔猪没有实施隔离饲养，猪只染病，造成了垫料的污染和猪群大面积传染。
（四）宣传发动不到位。自然养猪法是一项新技术，目前对该技术推广不够，很多的养殖户只知道自然养猪法的好处，不知道具体的猪舍建筑、垫料制作等技术要点，影响了该技术的全面推广。
（五）工作开展不平衡。个别县市区对该工作认识还不足，工作开展缓慢。