微生物菌剂的六大菌群包括凝结芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、棕色固氮菌、胶质芽孢杆菌、米曲霉和长柄木霉。这些菌群能在植物根部生长,并与植物形成共生关系,促进根系生长发育,提高植物所需的养分,同时植物也为菌群的繁殖提供条件。