选用抗病、耐病品种，适时早播，避开扬花期遇雨。合理施肥，增施底肥，氮磷配合，追肥早施少施，提高植株抗病力。雨后及时排水，降低田间湿度。深耕灭茬，秸秆过腹还田或堆沤后施用。小麦播种前，清除田间农作物残体，减少菌源。小麦赤霉病防治可在扬花初期用戊唑醇喷雾防治，见花喷药可用戊唑咪鲜胺进行防治。
因地制宜选用适合当地栽培的抗根腐病品种，种植不带黑胚的种子。提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥。麦收后及时耕翻灭茬，使病残组织当年腐烂，减少下年初侵染源。采用小麦与豆科、马铃薯、油菜等轮作方式换茬，适时早播，浅播，土壤过湿散墒后播种，过干则采取镇压保墒等农业措施减轻受害。
采用配方施肥，少施氮肥，增施磷钾肥，提高植株抗病力。药剂防治可用氰烯菌酯悬浮剂或戊唑咪鲜胺水乳剂喷雾。开沟排水，降低水位，达到雨停无积水，开春后及时清沟。适时早播，合理施肥，达到“冬壮、早发、早熟”。选用高产抗病品种，播种前进行种子消毒。深耕灭茬，结合治螟拾除稻桩、玉米秸等前茬残株，及时烧毁或堆沤。