当植株长出最后一穗花时，开始进行摘心。摘心时，需在最后一穗果顶部保留2-3片叶，以避免果实营养不足导致小果、空心果，同时防止果实直接暴露在阳光下影响着色。单干整枝：每株仅保留一条主茎，其余侧枝全部摘除。双干整枝：每株除保留一条主茎外，还需在第一花序下叶腋处选择一条侧枝作为第二结果枝，其余侧枝全部摘除。一秆半整枝：每株除保留一条主茎外，还需在第一花序下选择一条侧枝保留，其余侧枝全部摘除，待侧枝结1-2穗果后进行摘心。
西红柿打顶后，若有侧芽仍会结果。对于已摘心的植株，当下面两茬果子采收完后，将叶片打掉，将茎秆轻轻滑落盘在植株周围，覆盖适量土，让侧芽继续生长结果。该方法可降低植株高度，同时弥补根部老化问题。