水稻具有24条染色体,即12对同源染色体,但不含性染色体。在基因组测序时,通常选择每对同源染色体中的一条进行,共12条。与其他农作物相比,水稻的染色体数量较少,染色体体积及其DNA含量也相对较小,单倍性根尖细胞染色体的总长度约为40.4微米。