引起仔猪腹泻的原因非常多，归纳起来包括以下方面：
管理和环境方面：猪舍环境差，温度偏低，湿度过大；消毒卫生跟不上；空气质量不好，通风不足。
母猪方面：产前没有严格消毒体表；饲料问题导致营养不良，奶水不足；低胎次母猪由于缺少病原刺激，母源抗体较低，导致仔猪发生腹泻。
病原方面：寄生虫（如等孢球虫、隐孢子虫等）；细菌性病原（如大肠杆菌、沙门氏菌、梭菌、链球菌等）；病毒性病原（如伪狂犬病病毒、猪瘟病毒、轮状病毒、蓝耳病病毒的某些毒株、传染性胃肠炎病毒、流行性腹泻病毒等）。其中，猪瘟、伪狂犬、传染性胃肠炎引起的仔猪腹泻危害最大，死亡率很高。
其他原因：消化不良、饮入不洁饮水、受凉、细菌或病毒感染等均可引起腹泻。常见病因包括传染性胃肠炎、流行性腹泻、轮状病毒感染等。